積算基準その他を探してもどうしても見つからない内容が存在します。それが見積もり単価です。

見積もり単価は大きく２種類に大別できるようです。
①労務費、材料費などの単価
②特注品の単価、及び施工単価

労務費、材料費など
労務費、材料費などは建設物価もしくは積算資料に記載されていますが、一般的に使われていない材料まで記載しているわけではありません。また労務費も国土交通省のホームページに公開されているものが全てではありません。
具体的にはステンレス溶接工などは一部の工事でしか使用しません。というより危険な工事現場で溶接をする必要がないように積算基準が工夫されています。手間の掛かる作業は安全な場所でということです。ただし材料の加工工場などでは使用されますが、それは材料費として計上され労務費としては管理されません。
こうした単価は原則見積もりということのようです。ただし、自治体によっては見積もり単価を資料としてまとめている場合もあるようです。公開されているかどうかも自治体によります。

特注品の単価、及び施工単価
特に既定のない材料費、及びそれにかかわる施工作業がこれにあたります。
具体的な例としては「防火水槽」などがあげられます。
この場合、材料の納入業者から見積もりを取ることになりますが、そのままでは使えません。理由は古いです。
見積書をよく見ると労務単価が数年前のものだったりします。同じ設計書において、異なる労務単価を使用するのはおかしな話です。

私が積算を始めたころ知り合いの業者から「材料屋が見積書の金額で来るんじゃから、見積書の金額は正しい」といわれましたが、発注者からしてみれば「同じ設計書において、異なる労務単価を使用しては承認が得られない」ということになります。
そして結論は「見積書の積算基準は正しい」ということで「金額ではない」と言うことになります。

では具体的にどのようにすかというと、以下のようになるのではないでしょうか。

つまり、労務費と材料費に分け労務費は現在の人件費、燃料代、機械運転単価などで再計算を行う。材料代（ここでは特注品のみ、砕石、生コンなどは含まない）は原則そのまま使用できるが、最初から値引きを考慮している場合がある。これは「発注者に対する見積もりと、施工業者に対する請求金額が異なる点を予め考慮している」。

ぶっちゃけ言うと「見積もりと請求は違う。業者間の取引に値引きがあるんだから、発注者の設計にも織り込み済み。たとえ請求金額が見積書のままでも材料費に経費が掛かってるんだから十分出るでしょ。」ということです。

織り込まれた値引きがどの程度かは発注者によるため正直わかりません。
ただ、率計上であるのは確かでしょう。「１０００万の材料も２０万の材料も一律１０万円値引く」なんてことにはならないはずです。また前回が１５％、今回が５％と毎回バラバラというのもおかしな話です。毎回同じような率で値引くはずです。

この値引率のおおよその値を調べる方法があります。
値引率を除く全ての積算が正しいにもかかわらず、設計金額と異なる場合、値引率が間違っている。という単純なものです。

これを行うためには、正確な単価、経費算出、入札率、入札予定金額もしくは設計金額の公開が必要になります。入札予定金額の公開がない場合は入札の動向を見て想像するしかありませんが。